「共学別学」を特色とし、男女別校舎で学びつつ部活動や学校行事では協力する環境。制服は男子が詰襟の学生服、女子はセーラー服(冬期は指定スラックス選択可、式典は正装スカート)で、男子は柔道・剣道の武道教育、女子は華道・茶道・能楽・日本舞踊・礼法の特別講座が段階的に必修化されるなど伝統色が強い。

男子部は能楽師・高橋忍氏を講師に迎えた能楽教室(各クラス8回)と、中3で実施する「今、私の思うこと」発表会が教育の三本柱を構成する。女子CCクラスでは「もっと日本を。もっと世界へ。」をコンセプトにグローバル・スタディーズを中1〜高2で実施し、Kugayama Times(英字新聞編集)や英語で地域探訪などの探究プログラムを展開する。

女子CCクラスはGlobal Leadership Workshop(留学生・国際的人物との交流)を軸にグローバル教育を推進、男女共通で高1希望者海外語学研修や高2修学旅行(男女別)がある。英語は「4技能＋1(文法・単語)」をバランスよく学習し、STクラスでは中3から高校内容に入り高3の1学期までに受験範囲を修了する。

國學院大学への推薦枠はあるが他大学受験が約9割で、令和8年度は東大1・東京科学大5・一橋3・国公立合計51名、早稲田56・慶應55・上智43・東京理科62・明治122名の合格実績を出した。放課後個別学習ルームや夏期約160講座、高3御岳合宿講習など進路サポートも手厚い。

中学は運動12部(陸上・ラグビー・剣道・サッカー・バスケ・柔道・弓道・バレー・卓球・硬式テニス・バドミントン・ダンス)・文化17部(吹奏楽・写真・美術・囲碁将棋・ESS・書道・鉄道研究・筝曲・茶道・華道等)で、高校では運動18部・文化28部に拡大する。ラグビー部など全国レベルの強豪部も擁し、寒稽古や武道大会など伝統行事も多い。